La BO possède 3500 manuscrits. L'importance de ce fonds, qui contient l'une des plus grandes collections de manuscrits arabes chrétiens réunis en un seul endroit, réside dans son apport à la connaissance des  pratiques scientifiques dans le monde arabe médiéval, ainsi qu’à celle de  l'histoire et  du rôle des chrétiens d'Orient, transmetteurs de la science grecque à la civilisation arabo-musulmane classique. Les manuscrits chrétiens (d’auteurs chrétiens) constituent la majorité de la collection et recouvrent différents thèmes : histoire générale, histoire ecclésiastique, récits de pèlerinages et de voyages, grammaire, géographie, astronomie, physique, mathématiques, traductions de la philosophie et de la science grecques en arabe. Les manuscrits musulmans (d’auteurs musulmans) traitent de l'histoire universelle, de l'histoire de l'Islam, des villes et des provinces ainsi que des différentes sciences. La grande majorité des manuscrits est en arabe, mais il y en a également en syriaque, en garchouni, en latin, en grec, en turc, en persan, en arménien, en copte et en hébreu.